2003년 10개팀으로 시작해 2010년에는 15개클럽까지 증가하였으나 이후 재정난으로 해체하는 클럽들이 생기고 2013년 K리그가 승강제 실시로 2부리그가 만들어지며 4개팀이 떠나며 2017년엔 8개팀까지 줄어든다. 2007년 시범으로 출범한 [[K3리그]]가 자리를 잡아가며 신생 아마팀들이 재정적으로 부담이 적은 K3쪽으로 창단하면서 2010년 [[목포시청]]과 [[용인시청]] 창단 이후로는 신생팀이 전혀 참가하지 않았다. 내셔널리그의 위치가 애매해지며 발전적 해체론이 점화되었고 결국 2019년을 마지막으로 K3리그에 통합이 결정되었으며 2020년 내셔널리그와 기존 K3리그가 통합한 통합 K3리그가 출범하면서 역사속으로 사라진다.
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2003년 10개팀으로 시작해 2010년에는 15개클럽까지 증가하였으나 이후 재정난으로 해체하는 클럽들이 생기고 2013년 K리그가 승강제 실시로 2부리그가 만들어지며 4개팀이 떠나며 2017년엔 8개팀까지 줄어든다. 2007년 시범으로 출범한 [[K3리그]]가 자리를 잡아가며 신생 아마팀들이 재정적으로 부담이 적은 K3쪽으로 창단하면서 2010년 [[목포시청]]과 [[용인시청]] 창단 이후로는 신생팀이 전혀 참가하지 않았다. 내셔널리그의 위치가 애매해지며 발전적 해체론이 점화되었고 결국 한국축구 디비전 시스템 실시와 궤를 같이하며 2019년을 마지막으로 K3리그에 통합이 결정되었으며 2020년 내셔널리그와 기존 K3리그가 통합한 통합 K3리그가 출범하면서 역사속으로 사라진다.