천안시청에서 [[하재훈1|하재훈]] 감독의 기용아래 플레잉코치로 그라운드를 호령하다 2010년 창단한 [[광주 FC]]에 공격코치 겸 플레잉코치로 계약하였다. 그런데 2011시즌을 끝으로 광주 FC 코치직을 개인사정으로 그만두셨다. 남기일 코치 후임으로는 [[임관식]] 前 [[목포시청 축구단]] 코치가 선임되었다고. 이후 2013시즌 남기일 코치는 광주 FC의 수석코치로 복귀하며 지도자 생활을 이어가다, 2013년 8월 [[여범규]] 감독이 광주 FC 감독직을 내려놓음에 따라, 감독대행으로 부임해 2014시즌 광주의 K리그 승격을 이끌며 2015년에는 대행 꼬리표를 떼고 정식감독으로 부임하여 현재까지 광주를 이끌고 있다. 남기일 감독은 강등권으로 평가받는 광주를 2017년까지 [[K리그 클래식]]에 잔류시켜 지도 능력을 인정받고 있다.
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천안시청에서 [[하재훈1|하재훈]] 감독의 기용아래 플레잉코치로 그라운드를 호령하다 2010년 창단한 [[광주 FC]]에 공격코치 겸 플레잉코치로 계약하였다. 그런데 2011시즌을 끝으로 광주 FC 코치직을 개인사정으로 그만두셨다. 남기일 코치 후임으로는 [[임관식]] 前 [[목포시청 축구단]] 코치가 선임되었다고. 이후 2013시즌 남기일 코치는 광주 FC의 수석코치로 복귀하며 지도자 생활을 이어가다, 2013년 8월 [[여범규]] 감독이 광주 FC 감독직을 내려놓음에 따라, 감독대행으로 부임해 2014시즌 광주의 K리그 승격을 이끌며 2015년에는 대행 꼬리표를 떼고 정식감독으로 부임하여 현재까지 광주를 이끌고 있다. 남기일 감독은 강등권으로 평가받는 광주를 2017년까지 [[K리그 클래식]]에 잔류시켜 지도 능력을 인정받고 있다.
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그러나 2017년들어 남 감독은 전술적으로 난관에 봉착한 모습으로 전술의 색이 실종된 모습을 보였다. 여름 이적 시장이 들어서는 무렵부터 득점력 빈곤과 수비 불안으로 최하위로 떨어지고 말았으며, 여름 이적 시장을 통해 북아일랜드 현역 국가대표인 [[맥긴]]을 영입하며 반등의 계기를 마련하려 했으나 근본적인 문제인 남기일 감독의 전술 정체성을 해결하지는 못하였다. 결국, 이를 인지한 남 감독은 2017년 8월 14일로 사퇴를 선언하였으며 당분간 해외로 떠나 휴식을 갖을 예정이라고 한다.